אגף ההנדסה אחראי על אספקת מים, הולכת שפכים, שדרוג ופיתוח תשתיות מים וביוב, איכות מים, איכות שפכים, אספקת מים בשעת חירום, ביטחון מים, פחת וצרכנות מים, דמי הקמה ותוכניות סניטריות.

האגף מספק מענה מלא ומקצועי כל העת לתושבי ב"ש ואופקים בדבר שירותי אספקת מים, באיכות הנדרשת וע"פ הסטנדרטים של רשות המים והתקנות. האגף אחראי במקביל לאיסוף, הולכה וטיפול בשפכים. בנוסף, על מנת לשמור על איכות מים תקינה במהלך כל ימי השנה, מבוצעות דגימות מים ברחבי הערים ב"ש ואופקים וזאת בהתאם לתכנית שנתית המאושרת ע"י משרד הבריאות.

כמו כן, אחראי האגף לפיקוח על התקנת מז"חים, כיולם ובדיקתם אחת לשנה כפי שהוגדר בתקנות בריאות העם 2013.

כיום האגף פועל לשדרוג מערכת שליטה ובקרה בכל 9 מתקני שאיבת המים והביוב בב"ש ובאופקים. מערכת זו תאפשר למהנדסי התאגיד אפשרות לשליטה בזמן אמת במתקני המים והביוב וזיהוי תקלות במהירות ובזמן מינימלי.

אגף ההנדסה אחראי על יישום תוכניות אב למים ולביוב, שאושרו על ידי כלל הגורמים הרגולאטורים והסטטוטוריים, וכן ליישום תכנית פיתוח רב-שנתית של תשתיות מים וביוב. מתוך תוכניות אלה נגזרות תוכניות עבודה שנתיות. במסגרת זו, מיום הקמת החברה הושקעו עשרות מיליוני שקלים בשיקום, שדרוג ופיתוח תשתיות המים והביוב בבאר שבע ובאופקים. מידי שנה התאגיד משקיע כ – 27 מלש"ח בהשקעות בתשתיות צמודות ובתשתיות על, בדגש על שיקום ושדרוג תשתיות קיימות. מאז הקמת התאגיד הושקעו כ-145 מיליוני שקלים בשיקום ושדרוג תשתיות.

אגף ההנדסה אחראי על החלפות תקופתיות של מדי מים והתקנת מדי מים חדשים בב"ש ובאופקים, וזאת בהתאם לתקנות מדידת מים (מדי מים) התשמ"ח-1988.

אגף ההנדסה מטמיע חידושים טכנולוגיים כגון: צילום קווי ביוב, חיישנים לאיתור סתימות ביוב וגלישות, איתור דלף מים באמצעות שימוש בגז וכלים טכנולוגיים נוספים בתחום תשתיות המים והביוב כדי להבטיח את אמינות וזמינות אספקת המים ושמירה על איכות המים, תוך חיסכון במשאבים.